Kuna hambapastapumbaga pudeleid kasutatakse laialdasemalt nii majapidamises kui ka kaubanduses, pööratakse õigetele puhastus- ja hooldusmeetoditele üha suuremat tähelepanu. Võrreldes traditsiooniliste pigistatavate torudega on pumba struktuurid keerulisemad, nii et õiged puhastustavad ei mõjuta mitte ainult kasutajakogemust, vaid mõjutavad otseselt ka hügieeni ja toote eluiga.
Igapäevasel kasutamisel koguneb kõige tõenäolisem jääk pumba düüsi piirkonda. Soovitatav on regulaarselt pühkida välispinda sooja vee ja pehme lapiga, et vältida hambapasta kogunemist ja kõvenemist. Düüsi ümbritsevate detailide jaoks võib õrnaks puhastamiseks kasutada vatitupsu, et hoida väljastusava vaba.
Sügavpuhastuseks saab pumbapea eemaldada ja sisemised kanalid sooja veega loputada, millele järgneb loomulik õhukuivatamine. Oluline on vältida kuuma vett või tugevatoimelisi keemilisi puhastusvahendeid, kuna need võivad kahjustada tihendusstruktuuri või mõjutada materjali stabiilsust.
Pikaajalise{0}}kasutamise korral on soovitatav pumbapea, sukeltoru ja pudelikaela ühendust perioodiliselt täielikult puhastada, et vähendada bakterite kasvu ja säilitada sujuv väljastus.
Lisaks on erinevate hambapasta koostiste vahel vahetamisel soovitatav enne uuesti täitmist põhjalikult puhastada, et vältida koostisainete segunemist, mis võib toimivust mõjutada.
Üldiselt ei pikenda õiged puhastus- ja hooldustavad mitte ainult hambapastapumbaga pudelite kasutusiga, vaid parandavad oluliselt ka hügieenistandardeid, tagades stabiilse jõudluse nii majapidamises kui ka ühiskasutuses{0}}.